Si recorremos imaginariamente el país de oeste a este nos encontramos primero con el dominio marítimo de las 200 millas, una estrecha costa que recorre el territorio de sur a norte, la cordillera de los andes y la selva amazónica, es así como hemos visto tradicionalmente este espacio, sin embargo es mucho más complejo por la existencia de factores que son fuente de heterogeneidad de este sistema, como la Corriente Peruana o de Humbolt, la Corriente del Niño, el Anticiclón del Pacífico Sur, la Inversión Térmica en la costa peruana, la presencia de la Cordillera de los Andes, el Ciclón Ecuatorial y el Anticiclón del Atlántico Sur, la interacción de estos factores generan en el país una gran diversidad de ecosistemas, un mar templado y un mar ecuatorial, desde desiertos casi absolutos hasta los bosques tropicales de los más lluviosos en el mundo, desde tierras calurosas hasta el frío de las nieves perpetuas. Esta variedad de climas se expresa en un rango muy variado que va desde el tropical, 55 % del país, seco de estepa o desértico 14 %, húmedo 9 %, boreal 9 %, o frío de tundra o nieves perpetuas 13 %. Posee 84 zonas de vida y 17 transicionales de las 104 existentes en el mundo y tres grandes cuencas hidrográficas - Pacífica, Amazónica y del Titicaca - que configuran 12,000 lagos, lagunas y cochas, así como 3,044 glaciares.
El elemento básico generador de estas características es la Cordillera de los andes uno de los sistemas montañosos más importantes del mundo y cuya influencia no sólo es nacional sino que es a nivel de toda Sudamérica, crea la asimetría del continente, corriendo paralela al litoral, estableciendo una barrera geográfica a los bosque tropicales orientales. El rango altitudinal en nuestro país va desde el nivel del mar hasta 6,767 m. en la cordillera blanca, la cordillera tropical más alta del mundo. Los andes constituyen el importante rasgo estructural y funcional que condiciona nuestra diversidad. Es el elemento organizador, el sistema andino conforma nuestra estructura fluvial y determina el régimen de lluvias de gran parte de nuestro país y del continente sudamericano. La topografía abrupta y el aislamiento de áreas geográficas hacen que tengamos una gran diversidad de ecosistemas, generadores de una gran diversidad biológica como son especies y variedades de plantas y animales que son utilizados para diferentes fines en todo el mundo.
El Perú como uno de los centros de origen de la agricultura está considerado - junto con Ecuador y Bolivia - como uno de las áreas de alta diversidad genética de variedades cultivadas. Para nuestro país se reportan entre 150 a 200 plantas nativas domesticadas - papa, maíz, tomate, frijoles, calabazas, etc. - así como cerca de 1,200 especies silvestres de plantas útiles para diversos fines - medicinales, alimenticias: el 65 % de la agricultura depende de recursos genéticos nativos, fibras, aceites, colorantes, gomas, etc. - .posee el 13.8 % de la flora endémica del Planeta y el 27 % de las plantas tropicales. En cuanto a la fauna también se han domesticado varias especies, tales como el "guanaco", del cual se han obtenido dos razas domesticadas la "alpaca" y la "llama", además está el "cuy" obtenido a partir del cuy silvestre, así como el pato amazónico del cual se ha obtenido el "pato criollo" de amplia distribución mundial en la actualidad.
Por otro lado los ecosistemas de nuestro país están en constante cambio, fenómenos naturales como el Evento el Niño que causa inundaciones en el norte de nuestro país y sequías en el sur, las recientes variaciones de temperatura, los terremotos, aluviones y otros fenómenos propios de la geodinámica de la tierra, que unidos a las perturbaciones antropogénicas paradójicamente hacen de este país de gran diversidad en un país de mucha inestabilidad ecológica.
Nuestra sociedad ha utilizado por varios milenio este espacio y también sufrió los cambios culturales que se dieron a nivel mundial, la revolución agrícola desde hace 10,000 a 12,000 años y la revolución industrial los últimos 300 años. Estas revoluciones culturales nos dieron más energía, con tecnologías nuevas que alteran y controlan partes de nuestro territorio cada vez mayores, ampliando el suministro de alimentos, incrementando el tiempo medio de vida, mejorando los niveles promedio de vida como consecuencia un aumento brusco en el tamaño de la población humana. Estos cambios culturales condujeron a un crecimiento exponencial del uso de los recursos, contaminación y degradación ambiental.
La mayor amenaza sobre la diversidad biológica del Perú es la acelerada deforestación (área promedio deforestada anual 261,158 Ha), seguida de la sobre-explotación de las especies, el uso inadecuado del agua y del suelo, la contaminación, el deterioro y fragmentación de los habitas.
